Нефрологія як самостійна дисципліна була відокремлена від терапевтичних спеціальностей в Україні ще в 20-х роках минулого сторіччя.

Засновником наукової нефрології в Україні за правом вважається київський професор Ф.Г. Яновський (1860-1928), який є автором монографії “Діагностика захворювань нирок у зв’язку з їх патологією” (Київ, 1927 р.).

У 60-х роках 20-го сторіччя в Києві розвиток нефрології як спеціальності очолив проф. А.П. Пелещук, який керував відділом нефрології Київського НДІ захворювань нирок та сечовивідних шляхів (урології) у 1965-73 роках.

З 1973 до 2002 року відділ терапевтичної нефрології Інституту урології та нефрології очолював академік АМН, член-кореспондент НАН України Л.А. Пиріг.

За Розпорядженням Кабінету міністрів України від 13 грудня 2001 року №562-р і Постановою Президії АМН України від 19 грудня 2001 року № 9/3, в результаті реорганізації Інституту урології та нефрології АМН України, у складі Академії медичних наук України, було створено Інститут нефрології, який очолив д.мед.н., проф. М.О. Колесник.

Сьогодні Інститут став провідною науковою, методичною, та лікувальною установою держави. Здобутки колективу Інституту визнані як в Україні, так і світовою науковою спільнотою.

Найбільш важливими досягненнями Інституту за час свого функціонування є:

• створення всіх структурних підрозділів Інституту. На сьогодні до складу Інституту  входять: клініка, відділи нефрології та діалізу, еферентних  технологій, дитячої нефрології, науково-організаційної та патентно-ліцензійної роботи, лабораторії біохімії, імунології, мікробіології, патоморфології, адміністративний персонал, бухгалтерія, відділ кадрів, канцелярія та господарський підрозділ. На цей час в Інституті 133 працівника, з яких 72 наукових співробітників – 1 член-кореспондент НАМН, 8 докторів наук, 5 професорів, 17 кандидатів наук  та  91 – співробітник клініки;
• прийняття спільного наказу АМН України та МОЗ України від 30.09.2003 р. № 65/462 “Про поліпшення якості та організації системи медичної допомоги дорослим хворим нефрологічного профілю”, яким  затверджені структура організації системи надання поетапної медичної допомоги хворим нефрологічного профілю, положення про обласний, міський, районний центри нефрології та діалізу, консультативний нефрологічний кабінет, відділення амбулаторного діалізу;
• створення сучасної структури спеціалізованої медичної допомоги хворим нефрологічного профілю, яка включає обласні, міські, районні та міжрайонні центри нефрології та діалізу;
• створення у 2003 році Національного та регіональних реєстрів хворих на хронічну хворобу нирок, з подальшим щорічним оновленням.  Національний реєстр відповідає міжнародним вимогам і з 2006 року включений до Європейського реєстру;
• створення та затвердження ВАК України (2003 р.) наукової спеціальності “нефрологія” (шифр 14.01.37); затвердження програми кандидатських іспитів за спеціальністю “нефрологія”;
• відкриття у жовтні 2004 власної клініки Інституту, до складу якої на цей час входять: відділення нефрології та діалізу, відділення інтенсивної нефрології, консультативно-поліклінічне відділення, кабінет УЗД, клініко-діагностична лабораторія, відділення патоморфології, аналітично-методичний кабінет та господарський підрозділ. Сьогодні в клініці працює 96 співробітників;
• створення у січні  2004 році, за Наказом ВАК України від 1 червня 2009 р. № 397, Спеціалізованої вченої ради Д 26.565.01 за спеціальністю 14.01.37 “нефрологія”, якій надано право проводити  прийняття до розгляду та захист дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) медичних наук за спеціальністю: 14.01.37 “нефрологія”;
• створення у 2004 році Проблемної  комісії за спеціальністю “Нефрологія”, склад якої  на 2010-2012 рр. був затверджений  вченою радою МОЗ і АМН України в травні 2010  року;
• заснування у 2004 році  науково-практичного, щоквартального видання (атестованого ВАК України) «Українського журналу нефрології та діалізу»,  який інформує читачів з широкого кола питань практичної і експериментальної нефрології  та суміжних дисциплін;
• прийняття  на ІІ Національному з’їзді нефрологів (Харків, 2005) класифікації хвороб сечової системи для нефрологічної практики, що  дозволило уніфікувати термінологічні поняття, підходи до діагностики, лікування та профілактики та удосконалити національний і регіональні реєстри хворих на хронічну хворобу нирок;
• впровадження у 2007 році в практику пункційну біопсію нирки, що дозволяє визначати морфологічну верифікацію гломерулонефриту;
• створення у 2007 році електронного програмного забезпечення ведення Національного та регіональних реєстрів хворих на хронічну хворобу нирок;
• відкриття у 2007 році у структурі клініки відділення інтенсивної нефрології, створеного, вперше в Україні, разом з ДУ «Національний інститут серцево-судинної хірургії»;
• в Інституті працює аспірантура і докторантура за спеціальністю «нефрологія». Затверджена наказом МОН України від 01.12.2016 №1503Л ;
• присудження у 2009 році Державної премії України в галузі науки і техніки за розробку та впровадження  системи  методів  діагностики, профілактики і лікування хвороб нирок (Колеснику М.О., Багдасаровій І.В.);
• Інститут є співзасновником Національного ниркового фонду України, основною метою якого є надання благодійної допомоги у розвитку нефрологічної науки і практики та сприяє підвищенню рівня соціальної реабілітації хворих нефрологічного профілю;
• з 2010 р. започатковано проведення тематичного удосконалення для практичних лікарів і медичних сестер з питань діалізної терапії, інтенсивної нефрологі ї та дитячої нефрології (Ліцензія МОН України АВ № 552211  від 29.06.2010).
• розроблені та затверджені наказом МОЗ України від 11.05.2011 №280/44 стандарт і протоколи надання спеціалізованої  медичної допомоги хворим нефрологічного профілю;
• за безпосередньої ініціативи директора Інституту створено Асоціацію нефрологів нових незалежних держав, членами якої, крім України, є лікарі-нефрологи з Росії, Білорусі, Узбекистану, Молдови, Грузії, та Казахстану;
• «Український журнал нефрології та діалізу» (атестований ДАК МОН  України),  було внесено до переліку наукових фахових видань України (Наказ Міністерства освіти і науки України  від 07.10.2015 No 1021).   Журнал реферується та індексується у міжнародних наукометричних базах даних:  Реферативна база даних Національної бібліотеки України імені В. І. Вернадського;  Російський індекс наукового цитування (РІНЦ) на базі наукової електронної бібліотеки (eLIBRARY.RU);  Index Copernicus;   Directory of Research Journal Indexing (DRJI);  Google Scholar. Сайт журналу http://www.ukrjnd.com.ua;
• розроблено та затверджено Наказ від 11.07.2012 № 514/41 «Про затвердження форм первинної облікової документації, форми звітності з питань реєстрації пацієнтів з хронічною хворобою нирок, трансплантованою ниркою або гострим пошкодженням нирок та інструкції щодо їхнього заповнення»;
• розроблено та затверджено Наказ від 30.09.2014 №74/688 «Про внесення змін до наказу Академії медичних наук України та Міністерства охорони здоров’я України від 30 вересня 2003 року №65/462″.